O Laboratório foi criado em outubro de 1976, pelo naturalista argentino Hugo P. Castello e foi batizado como “Laboratório de Mamíferos Marinhos” (LMM).  Em setembro de 1979, Castello retorna ao Museu Nacional de Ciências Naturais “Bernardino Rivadavia”, na Argentina, e o Laboratório fica sob a responsabilidade da bióloga Maria Cristina Pinedo, que havia ingressado na FURG em 1977. Pinedo finaliza seu mestrado no Programa de Pós-graduação em Oceanografia Biológica em 1982, o doutorado na Universidade de Santa Cruz - Califórnia, em 1991. Ao retornar do doutorado, começa a atuar também com pesquisa e conservação de tartarugas marinhas e rebatiza o LMM para “Laboratório de Tartarugas e Mamíferos Marinhos” (LTMM). Pinedo se aposenta em 2002 e o laboratório fica sob a coordenação da Dra. Mônica Muelbert até 2006, quando o Dr. Eduardo R. Secchi ingressa na FURG e assume a liderança do LTMM. O forte viés das ações do LTMM fez com este fosse novamente rebatizado para “Laboratório de Ecologia e Conservação da Megafauna Marinha” (ECOMEGA), agora sob a responsabilidade compartilhada entre os professores Eduardo Secchi e Silvina Botta.